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目前，在苹果上已经获得了抗虫转基因植株，所使用的抗虫基因主要有bt(bacillus thypsin inhibitor)和cpti基因。bt基因是从苏云金杆菌分离出来的杀虫结晶蛋白(icp)基因。国外早在1991年就成功应用icp基因转化苹果，1992美国批准将携带由icp基因的转基因苹果植株进行田间试验;国内程家胜等也应用bt基因成功获得了转基因苹果植株，并进行了抗虫试验。cpt i对许多害虫都具有抗性，广谱性是其最主要的优点。国外利用cpt i基因于1992年成功转化了绿袖苹果;国内达克东等也应用cpt i基因转化了皇家嘎拉，southem杂交证明目的基因存在于苹果基因组中。
苹果抗病转基因研究集中在抗火疫病(erwina amylovoea)方面，主要应用有attacine、cecropinsb-37、cecropm shiva-1等基因。norelli等用编码裂解细菌细胞的4种基因(attacine、sb-37、shiva-1和hen white lysozyme)用农杆菌介导法转化砧木m7和皇家嘎拉获得了250个转化体系，温室和田间鉴定表明携带有attacine的转化植株对疫病有极大抗性;用attacine基因转化m7，获得的转化植株对火疫病抗性大大提高，有的甚至能降低病害50%。还有报道将shiva-1、attacine导入皇家嘎拉，但温室检测转基因植株对火疫病抗性不稳定。
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