《名侦探柯南》作为一部连载超过20年的经典推理漫画，其大结局一直是全球粉丝关注的焦点。在青山刚昌精心构建的故事中，柯南最终解决了黑衣组织的核心谜团，并揭露了背后的真相。
故事高潮部分，柯南与少年侦探团携手突破重重难关，成功潜入黑衣组织总部。通过一系列缜密推理和惊险对决，他不仅揭开了组织首领的真实身份——竟是长期隐藏在暗处的“琴酒”，还发现整个阴谋背后隐藏着更大的秘密：原来这个组织的存在是为了保护一种能够改变人类基因的技术。而这一技术掌握在组织核心成员手中，他们试图以此拯救自己因疾病或基因缺陷而濒临死亡的生命。
最终，在兰的帮助下，柯南利用智慧与勇气摧毁了黑衣组织的研发基地，彻底终结了这个威胁世界的犯罪集团。同时，他也找到了拯救小兰父亲工藤有希子的方法，使两人得以重归于好。虽然新一与兰的感情经历了诸多波折，但两人的关系更加深厚稳固。
结尾处，新一终于向兰坦白了自己的真实身份，并承诺永远守护她。而柯南也完成了自己的使命，重新变回工藤新一。尽管未来仍可能面临新的挑战，但新一相信，只要心中充满正义与爱，就没有什么是解决不了的问题。
这篇大结局既满足了读者对悬念解答的需求，又延续了作品一贯温暖治愈的主题，为长达数十年的故事画上了圆满句号。